Azyumardi Azra memenangkan beasiswa Columbia President Fellowship dari kampus yang sama, tetapi kali ini Azyumardi pindah ke Departemen Sejarah, dan memperoleh gelar MA pada 1989.
Pada 1992, ia memperoleh gelar Master of Philosophy (MPhil) dari Departemen Sejarah, Universitas Columbia tahun 1990.
Selanjutnya, meraih Doctor of Philosophy dengan disertasi berjudul The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama ini the Seventeenth and Eighteenth Centuries.
Pada Tahun 2004 disertasi yang sudah direvisi diterbitkan secara simultan di Canberra (Allen Unwin dan AAAS), Honolulu (Hawaii University Press), dan Leiden, Negeri Belanda (KITLV Press).
Memulai Karir di Dunia Jurnalis
Azyumardi Azra kembali ke Jakarta, pada tahun 1993 dan mendirikan sekaligus menjadi pemimpin redaksi Studia Islamika.
Studia Islamika merupakan jurnal Indonesia untuk studi Islam. Pada tahun 1994-1995 dia mengunjungi Southeast Asian Studies pada Oxford Centre for Islamic Studies, Universitas Oxford, Inggris, sambil mengajar sebagai dosen pada St. Anthony College.
Azyumardi Azra pernah menjadi Wartawan Panji Masyarakat (1979-1985). Semasa mahasiswa Azyumardi Azra juga dikenal sebagai aktivis sangat kritis dan aktif di Himpunan Mahasiswa Islam (HMI).
(red)