Tidak hanya itu, Perlindungan hak asasi masyarakat sipil dan hak kaum minoritas di Tanah Air juga diperjuangkannya. Gus Dur melakukan itu semua untuk menjaga keutuhan negara ini dalam bingkai Bhinneka Tunggal Ika.
Kedua, nilai keadilan. Keadilan bersumber dari pandangan bahwa martabat kemanusiaan hanya bisa dipenuhi dengan adanya keseimbangan, kelayakan, dan kepantasan dalam kehidupan masyarakat. Keadilan juga merupakan salah satu prinsip dalam tujuan suatu negara, yaitu keamanan ekstern, ketertiban intern, kesejahteraan umum, dan kebebasan.
Oleh karenanya, perlindungan dan pembelaan pada kelompok masyarakat yang diperlakukan tidak adil, merupakan tanggungjawab moral kemanusiaan. Sepanjang hidupnya, Gus Dur rela dan mengambil tanggungjawab itu, baik dalam posisinya sebagai presiden ataupun bukan sebagai presiden. Gus Dur selalu konsisten dalam berpikir dan berjuang untuk menciptakan keadilan di tengah-tengah masyarakat Indonesia.
Seperti yang sudah dipaparkan oleh penulis sebelumnya, Gus Dur adalah Presiden yang lahir dalam masa transisi sistem politik Indonesia. Oleh karena itu, Gus Dur adalah presiden pertama yang dipilih secara bebas oleh parlemen Indonesia setelah jatuhnya rezim Orde Baru.
Meski kepresidenannya hanya berlangsung 2 tahun, akan tetapi Gus Dur meninggalkan warisan demokrasi yang kuat. Gus Dur berhasil memperkuat supremasi sipil dan supremasi hukum dengan demiliterisasi jabatan-jabatan sipil. Di zaman kepemimpinannya lah setiap masalah disintegrasi bangsa disikapi secara dialogis.




